Après avoir rencontré Brook, un squelette vivant, Luffy et son équipage sont pris au piège sur Thriller Bark, l'immense bateau du Grand Corsaire Gecko Moria, à l'ambiance gothique.
L'Équipage du Chapeau de Paille découvre un baril au milieu de l'océan. Après l'avoir ouvert,une fusée rouge décolle vers le ciel.
À bord du Thousand Sunny, Brook raconte son histoire de musicien, et de pirate avant d'être tué. Il expliqua qu'il a mangé le Yomi Yomi no Mi, ce qui lui a permis de revenir d'entre les morts.
Lorsqu'un fantôme apparait, effrayant tout le monde à bord, une secousse se fait sentir. Les membres de l'équipage viennent d'être faits prisonniers du bateau-île Thriller bark.
Usopp, Nami, et Chopper traversent la forêt de Thriller Bark, où ils sont attaqués par un groupe de zombies avant d'atteindre enfin la maison du chirurgien Dr. Hogback.
Nami se fait attaquer par Absalom qui fuit. Le reste de l'équipage du Chapeau de Paille débarque sur l'ile.
Après avoir échappé aux zombies du manoir, Nami, Chopper et Usopp se retrouvent dans la chambre de Cindry et découvrent sa vraie identité.
Après avoir battu les zombies, les Chapeaux de Paille apprennent que l'un des 7 Grands Corsaires, Gecko Moria, a été voler les ombres des gens.
Sur l'île, Luffy apprend que Moria se comporte de bien mauvaise façon. Au manoir du docteur Hogback, Chopper est repéré en train d'espionner le laboratoire secret du chirurgien...
Chopper et ses amis sont toujours pris au piège dans le manoir du docteur Hogback. Pendant ce temps, Luffy et ses compagnons ont vaincu leurs adversaires...
Luffy et sa bande s'inquiètent pour leurs amis disparus. Ils ont raison, Usopp et Chopper sont attaqués dans la forêt par des créatures plus fortes qu'eux...
Le pingouin, ennemi d'Usopp et de Chopper, les sauve in extremis. Pendant ce temps, Luffy a bien du mal à se défaire de Zoro, armé d'une épée redoutable...
Absalom a enlevé Nami pour l'épouser. Mais celle-ci se défend bec et ongles et lui assène une attaque qui le paralyse un moment. Elle espère ainsi s'échapper...
Le zombie chauve-souris avertit Absalom qu'un intrus a fait son apparition, l'épéiste chantonnant. Absalom se montre très surpris.
Luffy a été fait prisonnier. Ses geôliers lui arrachent son ombre. Sans celle-ci, Luffy s'effondre, évanoui.
Avec l'ombre de Luffy, ses ennemis veulent donner naissance au zombie numéro 900, un terrible guerrier réputé invincible.
Après 500 ans de sommeil, le zombie numéro 900 reprend vie grâce à l'ombre de Luffy. Le monstre est affamé et réclame de quoi se sustenter...
Robin, Chopper, Franky et Usopp retrouvent Luffy, Sanji et Zoro à bord du Sunny. On apprend que Brook a promis à un ami qu'il reviendrait le chercher.
Luffy, revenu à lui, a retrouvé tous ses amis. Ils savent qu'ils n'ont qu'à localiser les trois zombies et leur mettre du sel dans la bouche pour les vaincre...
L'homme squelette est un nakama de Laboon. Luffy veut en faire un membre de l'équipage à part entière. Une contre-attaque se prépare contre la Thriller Bark.
Le Dr Hogback apprend que Luffy s'est réveillé. Il ne comprend pas pourquoi Absalom n'a pas pu empêcher ce désastre. Il organise la riposte...
Usopp, bien que touché par un fantôme, n'a pas subi de dommages et poursuit son combat contre la Doll. Entouré de zombies, il sait qu'il ne pourra toutefois pas tenir longtemps.
Nami, habillée en mariée, s'apprête à convoler en justes noces avec Absalom. Luffy apprend que le maître des zombies devra dire une formule particulière pour que ses victimes retrouvent leur ombre.
Sanji est venu au secours de Nami en pleine cérémonie de mariage. Nami est inconsciente.
Sanji lance une attaque extra hache contre Absalom. De son côté, Luffy parvient enfin à toucher son adversaire. Usopp constate que la Doll peut voler.
Alors qu'il continue à se battre contre Perona, Usopp comprend ce qui lui avait échappé auparavant. La véritable enveloppe corporelle de Perona est cachée quelque part.
Zoro Roronoa se relève et engage un combat contre Ryuma afin de gagner son sabre : Shuusui. La bataille semble acharnée car le samouraï du Pays de Wa est à la hauteur de sa légende !
La créature issue de Sanji a frappé Robin et la tient prisonnière. Celle-ci n'est pas parvenue à lui faire avaler du sel.
Après avoir écouté le réquisitoire très animé de Chopper visant ses pratiques barbares, Hogback se retrouve face à une Cindry.
Luffy continue à courir après Gekko Moria, mais il est bloqué par les attaques de l'ombre de Moria. Le reste des Chapeau de Paille continue de lutter contre Odz.
Absalom est sur le point d'embrasser Nami, sa future épouse, lorsque celle-ci se réveille, juste à temps. Alors qu'elle reprend ses esprits en tentant de fuir l'horrible bête, Laura surgit.
Nami parvient à s'échapper des griffes d'Absalom grâce à l'aide de Laura.
Robin, Usopp, Franky, Zoro, Sanji et Chopper parviennent à immobiliser Oz. Cependant, contre l'avis des autres, Zoro veut en finir avec le zombie géant.
Luffy croyait avoir retrouvé Moria, mais il ne s'agissait en fait que de son ombre.
Brook qui a sauvé Usopp, apparaît sur le champ de bataille avec un sac de sel (qui est le point faible des zombies).
Moria explique qu'il a permis d'étirer Oz en étirant son ombre, forçant ainsi son corps à s’étirer avec elle afin d'assurer que le corps et l'ombre aient la même forme.
Zoro tente d'attaquer le bras d'Oz encore une fois, mais, Oz le bat. Usopp envoie le sel de Brook dans la bouche du Zombie avec Kuwagata, mais, l'ombre de Moria l'attrape et le l'envoie ailleurs.
Luffy lutte contre son double démoniaque sous les yeux de Usopp, Nami et Moria. Lorsque Oz prend un coup, c'est Moria qui en reçoit toute la force.
Luffy commence à se battre contre Moria, entrant dans le mode Gear Second.
Zoro, Robin et Sanji sont en bien mauvaise posture : leurs corps sont en train de disparaître sous les rayons du soleil...
Le gouvernement de l'ordre mondial ordonne d'exterminer tous les habitants de l'île ainsi que l'équipage au chapeau de paille.
En échange de leur vie sauve, les habitants de l'île doivent livrer Luffy. Ceux-ci refusent dans un premier temps, d'autant que l'équipage de Luffy est prêt à se battre.
L'écluse se referme alors que Pérona est toujours absente. La Thriller Bark apparaît dans toute sa splendeur. On en sait un peu plus sur Barbe Noire...
L'homme squelette a fait un serment, il y a très longtemps, et ne pourra intégrer l'équipage de Luffy qu'après avoir tenu parole.
L'homme squelette erre sur la bateau pirate désert et repense à son passé, à tous les bons moments passés avec l'équipage. Il s'effraie lui-même en apercevant son reflet dans un miroir.
Brook décide de sceller le coquillage qui renferme la chanson chantée par ses anciens compagnons.