Après avoir quitté Long Ring Long Land, l'équipage de Luffy tombe sur la gare de Shift ; la chef de gare leur explique alors qu'un train capable de rouler sur des rails flottants, relie plusieurs îles des environs.
Alors qu'ils sont en pleine mer, Luffy et ses compagnons manquent de heurter un étrange convoi lancé à toute vitesse sur les flots.
Luffy, Nami et Usopp obtiennent d'étranges salutations de la part des résidents puis ont la chance de découvrir les canaux en forme de Grands huit de Water Seven, la métropole aquatique.
Luffy, Nami et Usopp arrivent à convertir leur trésor en liquidités pour faire réparer le Vogue Merry. Riches, ils se dirigent vers le chantier naval pour rencontrer Icebarg, sur les conseils de la vieille Kokoro...
Deux valises pleines d'argent ont été volées. Luffy poursuit les canailles. Un inconnu neutralise les larrons et s'empare à son tour du magot...
Luffy apprend que son navire ne va pas pouvoir être réparé : il est en bien trop mauvais état...
Usopp se fait tabasser par les membres de la Franky Family et est laissé pour mort. Heureusement, il s'en tire grâce aux soins rapides de Chopper.
Usopp se réveille enfin. Luffy lui annonce qu'ils doivent malheureusement se séparer du Vogue Merry car celui-ci n'est pas réparable.
Luffy et Usopp se disputent au sujet du Vogue Merry. Usopp refuse d'abandonner le navire à son sort...
L'Équipage du Chapeau de Paille passe la nuit dans un hôtel. Le lendemain matin, Nami retrouve l'équipage et leur annonce des nouvelles surprenantes : quelqu'un a tiré sur Icebarg.
Luffy et Franky font connaissance. Pendant leur duel, Luffy découvre que si Franky crache du feu, c'est parce que c'est un cyborg...
Les membres de la Galley-La Company attaquent Luffy et lui disent que Nico Robin est une de ses pirates, Nico Robin et un homme masqué, qui ont attaqué Icebarg.
Convalescent après sa tentative d'assassinat, Icebarg apprend à Luffy qu'il a été victime de Robin. Mais Luffy persiste à croire que son amie est innocente...
Après avoir parlé à Sanji et Chopper, Robin leur dit adieu et disparaît. Sanji envoie le petit médecin à la rencontre de Luffy, Nami et Zoro pour les mettre au courant...
Les ouvriers de Galley-La Company prennent toutes les précautions pour parer l'attaque des pirates et contrecarrer leurs projets.
Robin apprend de la bouche d'Icebarg qu'il détient les plans d'une des redoutables armes antiques : le vaisseau de guerre Pluton...
Usopp s'active aux réparations du Vogue Merry lorsque Franky surgit pour lui annoncer qu'il le prend en otage avec le navire.
C'est l'heure de vérité. Pauly découvre la véritable identité de ses anciens compagnons de chantier. Ils forment, en réalité, l'unité spéciale CP9.
Luffy et Zoro sont jetés à la mer par Lucci. Nami a droit au même traitement, mais elle est retrouvée près d'un bâtiment par les ingénieurs de la Galley-La...
Franky dit à Usopp que le Vogue Merry ne pourrait pas atteindre la prochaine île. Il commence alors à le détruire, mais Usopp tente de l'en empêcher.
Franky apprend que Lucci, Blueno et Kalifa sont des agents secrets qui travaillent pour le gouvernement.
Franky, alias Cutty Flam, est molesté par Lucci et Kalifa. Les deux agents secrets désirent mettre la main sur les plans de Pluton, une arme antique...
Les employés de Tom's Workers sont arrêtés pour la destruction d'un bateau judiciaire.
Spandam ordonne le transfert de Franky sur l'île judiciaire d'Enies Lobby.
Alors que l'arrivée de l'Aqua Laguna est imminente, les membres du gouvernement et les officiels de Water Seven s'apprêtent à quitter l'île.
Robin monte à bord du train des mers. Nami tente de la retenir mais elle arrive malheureusement trop tard.
Nami rejoint finalement Luffy et lui dit qu'ils doivent se dépêcher pour rattraper Robin qui s'apprête à partir pour Enies Lobby. Chopper retrouve Zoro qui lui demande de lui donner le Sandai Kitetsu.
Luffy essaie de convaincre Pauly de le laisser partir avec un bateau. Nami explique qu'ils doivent sauver Robin, en route vers Enies Lobby, le tribunal du gouvernement mondial.
À bord du Rocketman, les intrépides passagers se découvrent un ennemi commun : les agents du gouvernement qui ont tenté d'assassiner Icebarg.
Les soldats de la Marine découvrent que Sanji, Usopp et Franky se sont échappés des wagons 6 et 7.
Usopp ne fait plus partie de l'équipage de Luffy. Il se déguise en super héros, afin d'aider ses anciens amis et venir en aide à Robin. Le nom de ce nouveau justicier : Sniperking !
Sanji combat Wanze le dingue et ses attaques de nouilles. De son côté, Franky affronte Nero, la loutre de mer, une nouvelle recrue du CP9.
Usopp, toujours sous l'identité de Sniperking tente de persuader Robin de s'échapper, mais celle-ci s'est résigné au sort qui l'attend.
Face à T-Bone, la Franky Family panique mais Luffy fait confiance a Zoro, qui souhaite le vaincre. En un coups, Zoro réussi facilement a esquivé l'attaque de T-Bone et l’envoie hors du train.
Sanji et Franky ont réussi à s'introduire dans le wagon de Lucci et ses acolytes. Ce dernier leur explique que Robin représente une menace pour le salut de l'humanité.
Sniperking et Sanji tentent de lutter contre Blueno pour sauver Robin et Franky, mais en vain. De plus, Robin ne veut plus lutter, résignée.