Deux ans se sont écoulés depuis la bataille de Marineford. L'équipage se retrouve sur l'archipel des Sabaody lorsque des pirates « sosies » usurpent l'identité de l'équipage du Chapeau de paille.
Luffy, qui a grandi, est devenu le maître de l'île de Ruskaina. Il dit adieu aux animaux avec qui il est devenu ami car il repart à Sabaondy. Zoro y arrive le premier et se rend dans le bar de Shakky.
Luffy qui se retrouve confronté au faux-Luffy utilise 2 sortes de haki, un pour éviter une balle et le second pour faire immobiliser les faux chapeaux de paille.
Robin arrive sur le Sunny et rencontre Franky. Le Sunny est maintenant muni du revêtement. Sur G1, Sentoumarou décide d'aller sur Sabaody accompagné de deux pacifistas.
Sur le Grove 46 où se rassemblent un grand nombre de pirate, Caribou aperçoit un marine et lui donne un coup de lance.
La réunion des Faux Chapeau de Paille continue jusqu’à que Sentomarou arrive. Sentomarou assomme le Faux Luffy et fait découvrir sa véritable identité aux autre pirates.
L'équipage se réunit mais la marine essaye de les stopper avant qu'ils ne partent.
Rayleigh, en voyant le départ de Luffy, se remémore son passé au moment où il fit la connaissance de Gol D. Roger.
Caribou et son équipage veulent aborder le Sunny mais la vache des mers qui tire leur navire reconnaît Nami et se rappelle les coups infligés par Luffy et Sanji, quand elle était au service d'Arlong.
Sanji se déplace à une vitesse incroyable et à l'aide de sa Diable Jambe, frappe un tentacule du Kraken, Zoro utilise une nouvelle technique pour couper un autre tentacule.
Le bateau pirate de Van Der Decken fait son apparition et il ordonne au bonze des mers de détruire le Sunny.
Les Chapeaux de Paille qui sont arrivés devant l'île de Hommes-Poissons, se font attaquer par un groupe de monstre-marins chevauchés « Les nouveaux pirates Hommes-Poissons ».
Franky sauve Robin, retrouve Nami et dit avoir trouvé une ville. Les 3 frères Neptune arrivent près des sirènes pour chercher les Chapeaux de Paille quand Sanji se met à saigner du nez en continu.
Luffy, Usopp et Chopper trouvent un donneur de sang. Une fois Sanji réveillé, Keimi présente Luffy et Usopp à Mme Shirley, sa patronne.
Un équipage de pirates tente de s'échapper du district des Hommes-Poissons mais Hody Jones prend quelques pilules de drogues et s'élance à leur poursuite.
Pendant que Caribou utilise son pouvoir pour capturer des sirènes afin de les revendre sur le marché d'esclaves, Luffy et les autres se rendent au palais du roi Neptune.
Après que Shirahoshi, la princesse sirène, eut appris que Megalo a été sauvé par Luffy, elle commence à l'apprécier et lui pose des tas de questions.
Zoro, ayant réussi à battre Neptune ainsi que ses hommes, les prend en otage. Arrivé à l'entrée du palais, le prince Fukaboshi et ses deux frères, les princes Ryuuboshi et Manboshi, passent un message à Zoro.
Apprenant que la princesse Shirahoshi n'est plus dans sa chambre, Brook et le ministre de la droite partent prévenir le roi Neptune mais sont retenus par des hommes envoyés par Hody Jones.
Robin, qui a découvert l'existence d'un Ponéglyphe sur l'île des Hommes-Poissons, veut se rendre à la forêt sous-marine.
Hody arrive et détruit un mur du palais, ce qui a pour effet d’inonder le palais. Zoro demande à tout le monde de fuir tandis que lui reste pour empêcher Hody de les poursuivre.
Entendant le nom d'une princesse, Sanji se retourne et, sous la beauté de la princesse Shirahoshi, il se transforme en pierre.
Zoro finit son combat contre Hody. Mais ses acolytes avalent des pilules d'énergies leur permettant de lui tenir tête.
Robin découvre le Ponéglyphe de l'île des Hommes-Poissons, tandis que les soldats échappés du palais en ressortent vivants.
Jinbe commence à raconter l'histoire de Otohime et de Fisher Tiger. L'une veut faire la paix avec les humains pendant que l'autre libère les esclaves de Marie Joie et fonde les Pirates du Soleil.
Fisher Tiger continue de naviguer sur les mers, tandis que la reine Otohime continue à demander des signatures pour cohabiter avec les humains.
Deuxième épisode spécial entre Toriko et One Piece. Toriko et Komatsu sont en pleine mer, essayant de pêcher un Harusame.
Après avoir pris la décision de ramener Koala, Fisher Tiger débarque sur l’île natale de la jeune fille et la ramène à son village. Mais les villageois avaient prévenu la Marine de l'arrivée de Tiger.
Tiger meurt et Arlong prend la décision de s'attaquer à la Marine, mais le Vice-Amiral Borsalino le stoppe et l'emprisonne à Impel Down.
Un dragon céleste arrive sur l'île car son bateau avait été détruit. Là, il se moque continuellement des Hommes-Poissons.
Otohime revient sur l’île des Hommes-Poissons et parvient à récolter grand nombre de signatures.
L'histoire sur le passé de l'île des Hommes-Poissons se termine sur la découverte du tireur et les funérailles d'Otohime.
Hody annonce son plan, qui consiste à exécuter Neptune et à prendre sa place. Il a également enfermé Zoro, Usopp et Brook dans une cage surélevée se trouvant dans une pièce du château.
Luffy et Jinbe commencent à se battre quand Robin intervient. De son côté, Hody commence à partir du palais.
Tous les subordonnés d'Hody se préparent à combattre. Hody se transforme après avoir avalé une quantité énorme de stéroïdes. Le combat entre Luffy et Jinbe est imminent.
Les princes arrivent sur la place de la Thon-Corde mais subissent une défaite cuisante par les officiers d'Hody sous l'emprise des stéroïdes.
Shirahoshi et Jinbe se font capturer par les hommes d'Hody. Ils sont amenés sur la place de la Thon-Corde. Là, 100 000 hommes hors-la-loi arrivent.
Shirahoshi raconte à Hody que Mégalo lui avait dit des années auparavant que Hody était le meurtrier de sa mère.
La capture de Jinbe et Shirahoshi était un plan destiné à récupérer la lettre des dragons célestes et à ce que Luffy combatte Hody afin de devenir le héros de l'île.
Les chapeaux de paille dévoilent leurs nouvelles techniques au combat. Zoro crée une tornade de lames et Sanji, quant à lui, montre une nouvelle technique qui lui permet de voler.
Luffy et son équipage continue de se battre sans relâche. Franky amène Nami, Chopper, Usopp et Pappag découvrir les modifications du Sunny et y essayer les deux nouvelles armes secrètes.
Daruma fait tomber les armes de Franky dans un trou mais celui-ci démontre sa nouvelle capacité. Chopper, Nami et Ussop participent également.
Luffy commence le combat contre Hody et montre de nouvelles techniques en utilisant le Fluide. Noah approche et met la population en panique.
Luffy se propulse sur la chaîne du Noah ainsi qu’Hody. Une fois dans l’eau Hody est imbattable et s’amuse avec Luffy, puis le fait couler.
Hody, trahi par Vander Decken, décide de l’embrocher puis de s’en débarrasser. Le Noah ne va pas tarder à tomber sur l’île des Hommes-poissons.
Hody contrarié par la réaction de Vander Decken va et embroche celui-ci mais Luffy et les autres se rendent compte que Vander Decken n'est pas mort.
Les trois princes tentent de s’interposer devant Hody pour défendre leur sœur et Luffy, mais ils sont tous les trois vaincus par Hody.
Sur l’île des hommes-poissons, les chapeaux de paille et Jinbe combattent les pirates de Hody. Ils sont bientôt rejoints par les soldats de Neptune.
Flashback sur le passé d'Hody. Le Tank à Air étant prêt, lance la bulle qui entoure le Noah. Luffy et Hody s’apprêtent à se battre.
Luffy emploie une nouvelle technique qui combine le fluide et son fruit du démon pour envoyer Hody sur le Noah.
Luffy termine son combat contre Hody avec sa nouvelle technique : l’Éléphant Rafale. Tous les autres chapeaux de paille terminent également leurs combats.
Luffy continue de détruire le Noah avec l’Éléphant Rafale. Les hommes d'Hody fuient devant le Noah qui approche.
Shirahoshi se trouve être la Reine des Rois Des Mers et peux donc librement parler avec eux. Mais elle va rapidement aller sauver Luffy qui s'est évanoui après l'arrêt du Noah.
Luffy et son équipage quittent la place. En effet, Luffy et Zoro ont peur d'être considérés comme des héros et ainsi de partager la nourriture et le saké.
L'équipage fait la fête, Jinbe leur raconte la bataille où les deux amiraux se sont affrontés et ils sont tous surpris par le nouvel amiral en chef : Akainu.
Luffy, Zoro et Sanji récupèrent les trésors que Caribou avait volé. En voulant rentrer au palais, ils tombent sur Deloeuf et Pekoms.
Jinbe raconte à Neptune que les pirates du Soleil se sont alliés avec Big Mom, mais lui préfère couper les liens qu'il a avec elle. Un autre problème s'impose.
C'est l'heure pour l'équipage au Chapeau de Paille de quitter l'île des Hommes-Poissons.
Les chapeaux de paille, pendant leur remontée vers le Nouveau Monde, rencontrent un tourbillon dans lequel ils sont emportés.
Dans le Nouveau Monde, le navire de Luffy est encerclé par la flotte de la Marine. Alors que le pirate décide de prendre les armes, les bateaux ennemis disparaissent soudainement.
Monkey D. Luffy décide d'aider Lily Enstomach, une géante, à sauver son père Panz Fry. En chemin, ils croisent quatre Navires de la Marine qui escortent un mystérieux prisonnier...
La Marine, un groupe qui se fait appeler Néo-Marine et l'équipage de Luffy luttent toujours pour obtenir la nourriture du père de Lily la Petite Géante.
Toujours engagés dans la bataille qui les oppose à la Marine et à la Néo-Marine, Luffy et son équipage tentent de prendre le dessus sur leurs adversaires...