Accompagné de Boa Hancock, Luffy se rend à Impel Down afin de sauver son frère Ace retenu prisonnier là-bas. Impel Down est la prison sous-marine du Gouvernement Mondial.
Luffy et Hancock arrivent à Impel Down. Ils sont accueillis par le sous-directeur, Hannyabal.
Alors qu'Hancock est menottée avec du granit marin, Luffy tente par tous les moyens de localiser son frère. Pendant ce temps, Baggy le Clown s'est évadé de sa cellule.
À cause de Baggy, Luffy est repéré par les Blugoris. Il s'allie avec son ancien ennemi pour les vaincre.
Luffy et Baggy se retrouvent au 2e cercle: l'enfer des bêtes. Baggy organise une émeute en délivrant d'autres prisonniers dont Mr 3.
Il y a vingt ans, un prisonnier nommé "Shiki le lion doré" s'échappe d'Impel Down en se coupant ses propres jambes.
Luffy, Sanji, Zoro et Usopp arrivent sur l'île et vont vers leur endroit favori dans East Blue.
Largo révèle qu'il a mangé le Ami Ami no Mi, ce qui lui donne la possibilité de créer des filets avec son corps. Zoro et Sanji tentent d'attaquer Largo.
Luffy continue son combat contre Largo. Nami prétend de faire évacuer les villageois alors qu'elle les dirigent vers un autre tunnel pour surprendre les pirates Amigo.
Jinbe, un homme-poisson, membre de l'ordre des Sept Grands Corsaires, est enfermé à Impel Down dans la même cellule qu'Ace.
Luffy, Baggy et Mr. 3 sont désormais au 3e cercle : l'enfer de la faim. L'air de ce niveau est difficilement supportable. C'est alors que le chef de la garde, Saldeath, leur tend un piège.
Baggy et Mr. 3 délivrent Bonclay de sa cellule, qui part immédiatement porter secours à Luffy. Hancock arrive enfin à l'endroit où se situe Ace.
Hancock et le Vice-Amiral Momonga ayant quitté la prison, Magellan peut désormais organiser la capture des fugitifs. Luffy et Bonclay se retrouvent face au Minotaure.
Hancock est en route pour le quartier général de la Marine quand le Vice-Amiral Momonga reçoit un rapport comme quoi Shanks le Roux aurait empêché l'un des Quatre Empereurs, de s'en prendre à Barbe Blanche.
Face au poison de Magellan, Luffy ne peut pas se battre. Bonclay essaie d'aider Luffy dans son combat contre le directeur d'Impel Down mais se voit obligé de prendre la fuite.
Magellan se relève alors que Luffy est désormais victime de la toxine du poison. Le combat continue mais Luffy ne peut rien contre les attaques empoisonnées du directeur de la prison.
Magellan condamne Luffy à finir sa vie au 5e cercle : l'enfer des glaces. Le directeur aperçoit Hannyabal inconscient, apparemment battu par Bonclay.
Au 5e cercle, Baggy et Mr. 3 tentent d'échapper aux loups. Bonclay délivre Luffy et part à la recherche d'Ivankov, le faiseur de miracles.
Bonclay a finalement trouvé Emporio Ivankov. Ce dernier lui fait une démonstration de ses pouvoirs en changeant un homme en femme.
Ivankov explique à Bonclay qu'il a mangé le Fruit des Hormones, et il est donc capable de produire et de contrôler des hormones.
Remis sur pied, Luffy décide de reprendre sa route pour sauver son frère. Il demande à Ivankov de le suivre mais ce dernier refuse car il attend un ordre du chef de l'Armée Révolutionnaire dont il fait partie.
Luffy, Ivankov et Inazuma parviennent devant la cellule d'Ace mais il n'est plus là. Pendant ce temps, Magellan remet le frère de Luffy à Onigumo.
C'est à contrecœur que Luffy libère Crocodile de sa cellule. Pour éviter une trahison de ce dernier, Ivankov menace de dévoiler un secret gênant à son sujet.
Un navire de la Marine approche d'Impel Down. Il s'agit du Grand Corsaire, Marshall D. Teach, dit "Barbe Noire".
Alors que Luffy et les autres remontent les niveaux pour s'échapper d'Impel Down, nous voyons Barbe Noire qui arrive à Impel Down et qui rencontre Shiliew.
Hannyabal se présente devant Luffy et lui barre le passage. Faisant preuve de ténacité, Hannyabal ne cesse de se relever devant les coups de Luffy.
Après s'être reçu un "Jet Pistol" de plein fouet, Barbe Noire utilise le Fruit des Ténèbres et annule l'élasticité de Luffy.
Ivankov tente de retenir Magellan au 3e cercle et il ordonne à Inazuma de détruire l'accès au 2e cercle. De leur côté, Baggy et Mr. 3 sont parvenus au 1er cercle.
Magellan est à présent au 1er cercle et il lance plusieurs attaques pour abattre les prisonniers en fuite. Mr. 3 utilise sa cire pour contrer le poison.
Les équipages de la Marine encerclent des amis de Luffy et les tiennent en joue. Ils ne s'attendent pas à trouver en face d'eux une forte résistance...
Les équipages de la Marine ont été mis en fuite par Luffy et sa bande, aidés par des requins...
Luffy, Baggy et les autres quittent Impel Down et se rendent a Marineford pour libérer Ace.
Si Impel Down est la plus grande prison au monde, le QG de la Marine est indéniablement la plus grande forteresse qui soit : Luffy doit rester prudent...
A Momoiro Island, au royaume de Kamabakka, Sanji est poursuivi par des Okamas. Sur la plage, il se lamente...
Luffy et sa bande connaissent quelques difficultés imprévues qui les empêchent de progresser vers le QG de la Marine...
Retour sur le destin d'une réplique Hollow, qui rend ses katanas à un valeureux guerrier...